乌龙茶品质的优劣受茶树品种、生态环境、栽培技术、加工技术、包装及贮运等多方面影响，在这些影响因素中，茶树品种是基础。茶树品种是构成茶叶自然品质的重要因素，成品茶的外形和内质风格，均受茶树品种遗传特性所左右。

　　乌龙茶种质资源主要分布在我国的福建、广东和台湾。福建乌龙茶种质资源集中分布在闽北和闽南茶区，广东乌龙茶种质资源集中分布在粤东茶区。福建、广东的茶树种质资源丰富，充分体现了遗传多样性和种质资源的重要性。台湾茶区现有栽培的茶树品种，除少数几个地方种、台湾山茶及从印度引入的阿萨姆种以外，其余大多从福建茶区引入。1990年9月，台湾相关专家赴福建建瓯市东峰镇桂林村实地考察，证实该村现存的百年矮脚乌龙老树，就是台湾的青心乌龙。

　　乌龙茶品种的树型多为灌木型或小乔木型，其中粤东乌龙茶种质资源的树型较高大，以小乔木，大、中叶类为主，春茶萌芽期较早，福建、台湾乌龙茶种质资源以灌木、中叶类为主。而来自武夷山、安溪的茶树种质资源虽同属于一个类群，但两地茶资源群体间春茶萌芽期、开花期、种子成熟期、花器、果实、种子等性状存在明显差异。

　　闽北乌龙茶种质资源

　　闽北乌龙茶种质资源集中在武夷山、建阳、建瓯等地，位于闽北的武夷山茶树种质资源丰富，素有“茶树品种王国”之称。武夷山三十六峰、九十九岩都有茶且各有其名，种类上千。2007年，专家通过调研，筛选了70个名丛，尤以慧苑坑、牛栏坑、大坑口、流香涧、悟源涧及九龙窠等三坑二涧一窠的茶名居多，素有“四大名丛”“花名”等之分，为茶中珍品。武夷茶在唐代已享盛名，相传宋代已有铁罗汉名，明清时期相继出现了白鸡冠、大红袍、水金龟、半天妖（也有记为半天腰、半天鹞）等珍贵名丛，同时武夷山又是红茶与乌龙茶的创制地。

　　武夷山市茶叶科学研究所从武夷名丛、单丛中筛选出大红袍、小红袍、半天妖、白牡丹、金锁匙、石乳、天游香、月中桂、石观音等18个名丛，这些武夷名丛既可作为乌龙茶品种选育的中间材料，又可通过进一步筛选鉴定、审定在生产中示范推广。

　　“福建水仙”和“肉桂”是福建乌龙茶产区的主栽品种，福建省农业科学院茶叶研究所从“肉桂”“大红袍”的天然杂交后代中分别选育出“丹桂”“九龙袍”等省级良种；从“黄龙”的天然杂交后代中选育出“玉龙”。浙江大学以“福建水仙”为母本、“龙井种”为父本，选出了能正常结实、母性遗传力强的四倍体品系“401”。

　　台湾的主栽品种“青心乌龙”即是闽北的“矮脚乌龙”。台湾茶业改良场从“青心乌龙”的天然杂交后代中选育出了“台茶5号”和“台茶6号”。

　　闽南乌龙茶种质资源

　　闽南乌龙茶种质资源主要集中在安溪县。20世纪，兰田大茶树、企山野茶、福顶山野茶、剑斗野茶、 朝天山种、萍州苦茶、福前苦茶等茶树种质资源在安溪县境内相继被发现。安溪茶农富有创新精神，在这里育成了世界最早的无性系品种——“铁观音”，并茶树短穗扦插技术。长期以来，从闽南乌龙茶种质资源中认定了茶树优良品种，如铁观音、黄棪、毛蟹、本山、梅占、佛手等品种，这些品种已在乌龙茶产区大面积栽培。

　　福建省平和县农业农村局茶叶站从当地群体中选育出乌龙茶品种——白芽奇兰。福建省农业科学院茶叶研究所和安溪县茶叶科学研究所以铁观音和黄棪为亲本，从其天然杂交和人工杂交后代创新选育出金观音（茗科1号）、黄观音、黄奇、春兰、瑞香、金牡丹和凤圆春等10个全国和省级优良茶树品种。

　　台湾乌龙茶种质资源

　　台湾乌龙茶品种大部分来源于福建，清嘉庆年间，始以武夷之茶植于鱼坑。1865年后的四五年间，台湾茶农从福建安溪大量购入茶苗，种植在台北、桃园、新竹、苗栗县。从大陆引进的茶籽所播种繁殖者总称为莳茶，是台湾最老的群体种。

　　自嘉庆年间，台湾各茶区农民由福建引入、进行栽培驯化、制茶鉴定，选出的地方种超60个，其中除青心乌龙、铁观音等直接引入纯种茶苗繁殖外，其他多为茶农依其来源、形态特性、制茶品质特征等进行培育，并自行命名。台湾茶业改良场分别以青心大冇、大叶乌龙、红心大冇、硬枝红心、黄柑以及台农系列品种为亲本，从其人工杂交和天然杂交后代中选育出台茶系列17个新品种。20世纪90年代以来，随着台商在大陆投资茶业，台湾茶业改良场育成的新品种台茶12号、台茶13号在福建、广东等地推广种植。