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螺旋藻蛋白是最优良的蛋白质之一，不仅含量高，而且具有水溶性、易吸收、种类全等其他特点。就含量而言，螺旋藻的蛋白质含量高达60%～70%，居所有食品之首。而传统高蛋白食品的蛋白质含量均较其低，大豆、鸡蛋、对虾、乳酪、鸡肉、草鱼的蛋白质含量分别为33%～36%、18%～20%、22%～25%、28%～30%、26%～28%和 16%～18%。
螺旋藻蛋白具有以下三方面功能：
1、可作为天然的色素，用于食品、化妆品和染料等工业。现代医学发现，人工合成色素有增加人类致癌概率的危险，因此，螺旋藻蛋白作为天然色素的开发利用日益受到重视。
2、试剂级藻胆蛋白可制成荧光试剂，应用于医学临床诊断和免疫学及生物工程等研究领域。由于藻胆蛋白能发出强烈的荧光，因此可将其与生物素、亲和素或各种单克隆抗体结合制成荧光探针，用于癌细胞表面抗原捡测，以及蛋白质、核酸等生物大分子的分析等工作中。藻胆蛋白作为一种天然的荧光试剂，比一般化学荧光剂具有更多优点。
3、可制成食品和药品用于医疗保健。藻胆蛋白能促进动物血细胞再生，提高淋巴细胞活性，通过淋巴系统提高机体免疫功能，全面增强机体的防病抗病能力，可防治癌症、溃疡和血栓等疾病。
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