凝结芽孢杆菌能够有效抑制有害菌的生长，改良肠道微生态环境，促进肠道发育，增强肠道功能。提高食品和饲料品质，促进食品和饲料的消化吸收，降低料重比而且,凝结芽孢杆菌无任何毒副作用，使用安全，并可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体，改善养殖环境。所以，凝结芽孢杆菌在食品加工行业中应用广泛。
优质凝结芽孢杆菌为兼性厌氧菌，当其进入肠道后会消耗游离氧而进行肠道繁殖，有利于厌氧微生物乳酸菌和双歧杆菌的生长，从而调节肠道内微生物菌群的平衡，提高机体的免疫力和抗病力，减少肠道疾病的发生。凝结芽孢杆菌在肠道繁殖的过程中还会分泌淀粉酶和蛋白酶，促进机体对营养物质的消化和吸收；其产生的B 族维生素、氨基酸、短链脂肪酸等物质能增加小肠的蠕动速度，从而改善肠道的消化功能。另外，凝结芽孢杆菌在肠道内定居后还能产生大量抑制有害菌的凝固素和L乳酸等抑菌物质，因此，对胃肠道炎症有一定的治疗作用。
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