目前应用于人体的益生菌有双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、大肠杆菌、枯草杆菌、蜡样芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、丁酸梭菌和酵母菌等。常见益生菌主要指两大类乳酸菌群：一类为双歧杆菌，常见的有婴儿双歧杆菌，长双歧杆菌，短双歧杆菌，青春双歧杆菌等；另一类为乳杆菌，如嗜酸乳杆菌，干酪乳杆菌，鼠李糖乳杆菌，植物乳杆菌和罗伊氏乳杆菌等。从安全性角度考虑，目前工业用益生菌主要来源于健康人体，动物和传统食物（发酵乳制品，泡菜等发酵食品）。
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