目前应用于人体的益生菌有双歧杆菌、乳杆菌、肠球菌、大肠杆菌、枯草杆菌、蜡样芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、丁酸梭菌和酵母菌等。常见益生菌主要指两大类乳酸菌群:一类为双歧杆菌,常见的有婴儿双歧杆菌,长双歧杆菌,短双歧杆菌,青春双歧杆菌等;另一类为乳杆菌,如嗜酸乳杆菌,干酪乳杆菌,鼠李糖乳杆菌,植物乳杆菌和罗伊氏乳杆菌等。从安全性角度考虑,目前工业用益生菌主要来源于健康人体,动物和传统食物(发酵乳制品,泡菜等发酵食品)。
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